Occhio a fare il figo, che X è il server per gestire la grafica in linux...

Debian non ha una versione server, Debian è sempre uguale, che la si usi da server che da workstation, basta decidere cosa installare.
Per quanto riguarda la configurazione: in Debian i vari server possono essere configurati con un'interfaccia da shell oppure con una in ncurses che in pratica vuol dire grafica fatta coi caratteri testuali, in pratoca è grafica ma non hai bisogno di X, oppure con interfaccia su X.
Ed ogni programma che si installa con apt o con aptitude a seconda che si scelga la shell o X, viene configurata dopo l'installazione con uno dei metodi citati.
Digli di dare uno sguardo su debian.org e cercare il manuale di installazione. Io ho imparato da lì a fare tutto e poi in rete la comunità su google groups è molto attiva...
HTH HAND