VLC permette di cambiare il font, la dimensione, il colore dei sottotitoli.
Permette anche di salvare il file (devi cercare streaming), ma non saprei dire se il file che salva ha anche i sottotitoli.
Però appiccicare i sub ad un video non è difficile, avevo scritto un tutorial sul mio blog,
www.fmf.it/blog/ cerca Inserire i sottotitoli permanenti.